Корневые системы плодовых насаждений бывают двух типов: семенные, или генеративные (сеянцы диких видов и сортов), и вегетативные (полученные от отводков и черенков).. Различные подвои влияют на размещение корневой системы,  урожайность и долговечность плодовых культур.
Все известные сорта яблонь произошли от небольшого количества дикорастущих видов. Главные из них следующие.
1.    Яблоня лесная (М. silvestris Mill.), распространённая по всей европейской части России; может достигнуть высоты до 12 метров и выше.  Мощная корневая система .
Лесную яблоню принято считать одной из родоначальных форм огромного количества культурных  европейских и среднерусских сортов дерева.
2.    Яблоня  низкая (низкорослая) (М. pumila Mill.), распространена преимущественно  в Средней Азии, на Кавказе и  юго-востоке европейской части России, преимущественно это небольшое дерево или даже куст. Менее морозостойка и более требовательна к теплоте, чем лесная яблоня; образует крепкую корневую поросль, размножаться способна отводками и корневой порослью. Основные разновидности —дусен и парадизка.
3.    Яблоня сибирская (М. Pallasiana Juz.), распространена в Сибири, Гималаях, в Восточной Азии. Также относится к родоначальным, видам, которые дали начало культурным формам, называемым в Америке кребами.
4.    Яблоня  китайка сливолистная,(М. prunifolia Borkh.), распространена на Севере Китая, культивируется в Японии, а с 1780 г. и в Европе. Дерево вырастает  до 10 м.  Мощная, глубокая и разветвленная корневая система, зимостойкая.
5.    Яблоня венечная (М. coronaria Mill.) и ее разновидности кребы (М. ioensis Britt.), распространены в Америке.
В. В. Пашкевич и А. П. Сигов (1934) классифицировали сорта яблонь по основным географическим и хозяйственным признакам на следующие 12 групп: среднерусские сорта; восточнорусские; западные русские сорта; сорта селекции И. В. Мичурина; северные сорта; дикорастущие; крымские; кавказские;  итальянские; американские сорта; южноевропейские; американские кребы.
При выборе растений для исследований необходимо в первую очередь обращать внимание на их биологическое состояние. Последнее для надземной части яблони, целесообразно характеризовать, придерживаясь девяти «возрастных периодов» по П. Г. Шитту (1930, 1937).
В связи с различием возможных географических условий «возрастные периоды»  жизни плодовых деревьев наступают в различные сроки при благоприятном комплексе природных условий. Так, в низовьях р. Кубанки (станица Славянская) яблоня достигает полного плодоношения к четвертому возрастному периоду (18—24 года), а к 7—8-му возрастному периоду (40 лет) наступает усыхание и потеря плодоношения.
В Московской области яблоня достигает полного плодоношения в четвертом возрастном периоде (30—40 лет), а в период усыхания вступает на 55—70-м году (7—8-й возрастной период).
В пределах одного и того же природного района долголетие плодового дерева и его возрастные периоды могут резко изменяться в зависимости от отдельных геоморфологических, почвенно-грунтовых и других факторов.
Сопоставляя характер роста  и развития  яблочных деревьев различного возраста, можно выделить ряд биологических показателей, совокупность которых дает качественную оценку развития и состояния плодового дерева. Большинством к таким показателям относятся следующие.

Характер распространения корней яблони.

Главные темпы роста корней и их распределения зависят от влажности, плотности и  воздушно-теплового режима, агрохимических показателей различных почвенных горизонтов. При благоприятном сочетании перечисленных факторов создаются оптимальные условия для  распространения и развития корневой системы.
Г: И. Груздев отмечал, что наилучшими условиями для роста и распространения корней дерева яблони будут те, где корни  растений могут достигать глубины 2 м и более; в случае размещении корней до глубины около 1,5 метров условия довольно пригодные; при более мелком расположении корней условия считаются плохими.
Вместе с изучением залегания корней решают вопросы о наиболее целесообразных способах устранения возможных отрицательных явлений в корнеобитаемых слоях.
Наши исследования корневых систем яблони сортов  как Осеннее полосатое и Антоновка обыкновенная на среднеподзолистых суглинистых почвах показали - в приствольных кругах расположение корней было более поверхностным. При наличии подзолистого горизонта корни, распространяясь в ширину, образовали два яруса: первый — выше подзолистого горизонта, второй — ниже его.
Глубина проникновения корней яблони сорта Осеннее полосатое 3,27 м, Антоновки обыкновенной — более 2 м. Отношение диаметра распространения корней к диаметру кроны дерева было 1,3. Основная масса скелетных горизонтальных корней у обоих сортов располагалась в горизонтах B1 и В2 на глубине 35—110 см. То же отмечалось и для мочковатых корней. Отсутствие их в верхнем пахотном слое объясняется ухудшением структуры почвы при ежегодной обработке, подмерзанием их зимой и наличием подзолистого горизонта. Отмечается тенденция роста мочковатых корней кверху (особенно в междурядьях сада), что связано с лучшими условиями питания, которые создались в результате многолетнего внесения фосфорно-калийных удобрений в верхний обрабатываемый слой.
В горизонтах B1 и В2 у Антоновки обыкновенной залегало 55% корней, у Осеннего полосатого — 65%. В горизонтальном направлении максимум корней располагался на расстоянии 1,5—3 м от ствола.
Отношение длины скелетной части корневой системы к длине скелетной части кроны составляло у Антоновки обыкновенной 1,4; у Осеннего полосатого—1,7. Чем меньше число, выражающее это отношение, тем лучше почвенные условия, т. е. на образование 1 м скелета надземной части затрачивается работа значительно меньшего количества корней (П. Г. Шитт, 1937, 1958). В нашем примере более узкое отношение длины скелетных корней
к длине скелетной части кроны у Антоновки свидетельствует о лучших почвенных условиях произрастания.
Анатомическое изучение корней яблони показало, что число слоев клеток коровой паренхимы сильно варьировало. Наибольшая толщина коровой паренхимы отмечена в горизонтах Bi и В2, несколько меньшая в горизонте В3 и наименьшая в горизонте С. По В. Г. Александрову (1966), такая реакция паренхимных тканей коры является эколого-анатомическим признаком, так как уменьшение числа слоев клеток коровой паренхимы связано большей частью с неблагоприятными условиями среды (плохая аэрация, избыточное увлажнение или дефицит влаги и т. п.).
Ширина сердцевинных лучей у одинаковых корней с глубиной изменялась. В верхних горизонтах сердцевинные лучи одно-двухрядные, в более глубоких горизонтах многорядные. Часть сердцевинного луча, проходящего по коре, отличалась от его ксилемной части тем, что он во всех горизонтах значительно расширялся, а в горизонтах B1 И В2 изгибался.
С глубиной увеличивался диаметр широкопросветных сосудов вторичной ксилемы. В горизонтах В3, С в центральной части корня на отдельных участках наблюдались тиллы (закупорка сосудов).
Анализ природных условий и анатомический анализ корней в различных почвенных горизонтах показали, что данная земельная площадь благоприятна для произрастания яблони. Отрицательными из этого сочетания являются суглинистая морена в первичном ее залегании, структурный состав горизонтов А2, В3, С и наличие подзолистого горизонта.
Локализация корневой системы в горизонтах B1 и В2 подтверждала необходимость создания глубокого пахотного слоя с целью окультуривающего воздействия на корнеобитаемый слой.
Окружность штамба на высоте 30—50 см дает суммарное представление о характере развития за тот или иной итоговый период жизни дерева. Разница в окружности штамба у деревьев одинакового возраста, сорта и подвоя указывает на различие природных условий по рельефу, качеству почвы или агротехнике. Высота штамба дерева служит показателем, уточняющим общую высоту дерева.

Высота дерева.

Изменение этой величины зависит в большей степени от рельефа местности и степени увлажнения, т. е. служит, индикатором экологических условий. Глубина (высота) кроны является важным показателем характера развития надземной части яблони от разветвления до вершины лидера кроны. Эта величина отражает как почвенно-грунтовые условия, так и другие природные условия, например экспозицию склонов, формы рельефа, влияние ветров и др.
Объем кроны слагается из произведения площади проекции кроны на глубину кроны и дает представление о мощности ее развития за весь период существования плодового дерева (10, 20—23—30 лет и т. д.). В настоящее время всё чаще, в связи с задачами интенсификации плодоводства совершенствуется агротехника плодовых культур. В средней полосе более целесообразной стала конструкция садов с плотным расположением деревьев в рядах при широких междурядьях и формировании малообъемных крон. В более южных районах внедряется формирование плоских крон типа пальметт. Общей тенденцией является стремление сосредоточить большее число деревьев на единице площади, ускорить плодоношение, уменьшить габариты растений для удобства ухода и уборки урожая. Объем кроны вычисляют в зависимости от приданной формы, например: конуса, усеченного конуса, шара и т. д.  При определении объема кроны необходимо также определить объем оголенной ее части, что позволит судить о полноте и продуктивной части кроны.
Повреждения штамба, вызванные подмерзанием, поломками, указывают на неблагоприятные почвенные и агротехнические условия. В таком случае следует определить отрицательные факторы природных условий или агротехники и на основании анализа дать соответствующие рекомендации для их устранения. Облиственность кроны в год обследования с подразделением на хорошую, среднюю, плохую указывает на состояние плодового дерева в текущем году.

Таблицу ежегодных приростов и суммы их по годам составляют за последние 6—10 лет жизни яблони, для чего измеряют четыре основные скелетные ветви дерева с севера, юга, запада и востока. Это позволяет сопоставить показатели применительно к различным годам и к различным странам света. Тенденция приростов характеризует изменение состояния дерева в зависимости от возраста, природных условий или приемов возделывания. В молодом возрасте до 10 лет яблони лучше переносят неблагоприятные условия, чем в более старшем возрасте. Это обстоятельство нередко вводит в заблуждение плодоводов. Поэтому рекомендуется при почвенно-биологических исследованиях изучать яблони старше 10 лет. Следует также отметить, что биологические показатели при оценке состояния яблони в различных почвенно-климатических зонах изменяются в связи с различными сроками наступления возрастных периодов.